Olbrzymia różnorodność roślin występujących na terenie południowej Polski uniemożliwia z oczywistych przyczyn wypisanie ich wszystkich na tej stronie. Poniżej wymienione są gatunki roślin objętych ochroną ścisłą, występujące na ziemiach wielicko-limanowskich, w Gorcach, Puszczy Niepołomickiej i w Dolinach Łososiny i Dunajca. Dane pochodzą z Atlasu Rozmieszczenia Roślin Naczyniowych w Polsce (red. Zając i Zając; 2001). Ponieważ autorzy tej strony nigdy nie zwracali specjalnej uwagi na "kwiatki", większość poniższych danych nie została przez nas potwierdzona.
Zdjęcia większości tych gatunków roślin i informacje o nich można znaleźć na stronie Atlas Roślin Polski.

Paprotniki
Długosz królewski Osmunda regalis. Puszcza Niepołomicka.
Języcznik zwyczajny Phyllitis scolopendrium. Beskid Wyspowy i Pogórze Wielickie.
Nasięźrzał pospolity Ophioglossum vulgatum. Cały teren.
Paprotka zwyczajna Polypodium vulgare. Cały teren.
Paprotnik kolczysty Polystichnum aculetaum. Cały teren.
Paprotnik Brauna i ostry Polystichnum braunii i P. lonchitis. Beskidy.
Pióropusznik strusi Matteucia struthiopteris. Pogórza i Beskidy.
Podejźrzon księżycowy Botrychium lunaria. Pogórza i Beskidy.
Podejźrzon marunowy B. matricariifolium i Podejźrzon rutolistny B. multifidum. Beskidy.
Podrzeń żebrowiec Blechnum spicant. Cały teren.
Salwinia pływająca Salvinia natans. Dolina Wisły i Raby.
Skrzyp olbrzymi Equisetum telmateia i Skrzyp pstry Equisetum variegatum. Cały teren.
Widliczka ostrozębna Selaginella selaginoides. Gorce.
Widłak goździsty Lycopodium clavatum. Cały teren.
Widłak jałowcowaty L. annotnium. Cały teren.
Wroniec widlasty Hupercia selago. Cały teren.
Widłaczek torfowy Lycopodiella inundata. Dolina Wisły i Raby.
Widlicz alpejski Diphasiastrum alpinum. Gorce.
Widlicz spłaszczony D. complanatum. Cały teren.

Nagonasienne
Cis pospolity Taxus baccata. Beskidy.
Sosna błotna Pinus x rhaetica. Beskid Wyspowy.

Okrytonasienne
Dwuliścienne
Arnika górska Arnica montana. Puszcza Niepołomicka.
Bagno zwyczajne Ledum palustre. Dilna Wisły i Raby, Gorce.
Brzoza niska Betula humilis. Puszcza Niepołomicka.
Brzoza Ojcowska B. x oycoviensis. Beskid Wyspowy.
Centuria pospolita Centaurium erythraea i Centuria nadobna C. pulchellum. Cały teren.
Dziewięćsił bezłodygowy Carlina acaulis. Cały teren.
Gnidosz błotny Pedicularis palustris i Gnidosz rozesłany P. sylvatica. Cały teren.
Goryczka trojeściowa Gentiana asclepiade. Cały teren.
Goryczka wąskolistna G. pneumonante. Cały teren.
Goryczka krzyżowa G. cruciata. Beskidy.
Goryczuszka Gentianella sp. Beskidy.
Goździk kosmaty Dianthus armeri. Cały teren.
Goździk piaskowy Dianthus arenarius. Podgórze Bocheńskie i Dolina Wisły.
Goździk pyszny Dianthus superbus. Wszędzie poza Beskidami.
Jarząb (brzęk) brekinia Sorbus torminalis. Dolina Dunajca.
Kłokoczka południowa Staphylea pinnata. Dolina Dunajca.
Mącznica lekarska Arctostaphylos uva-ursi. Puszcza Niepołomicka.
Miłek wiosenny Adonis vernalis. Skarpy nadwiślańskie.
Miodownik melisowaty (miodownik wielkokwiatowy) Melittis melissophyllum. Podgórze Bocheńskie, Dolina Raby i Dunajca.
Naparstnica zwyczajna Digitalis grandiflora. Pogórza i Beskidy.
Nadwodnik naprzeciwlistny Elatine hydropiper. Puszcza Niepołomicka.
Omieg górski Doronicum austriacum. Beskidy.
Orlik pospolity Aquilegia vulgaris. Beskidy i Pogórza.
Parzydło leśne Aruncus sylvestris. Cały teren.
Pluskwica europejska (pluskwica cuchnąca) Cimicifuga europaea. Puszcza Niepołomicka.
Pełnik europejski Trollius europaeus i Pełnik alpejski T. altissimus. Podgórze Bocheńskie i Dolina Dunajca.
Pływacz drobny Utricularia minor i Pływacz zwyczajny U. vulgaris. Dolina Wisły i Dunajca.
Pokrzyk wilcza jagoda Atropa belladonna. Pogórza i Beskidy.
Pomocnik baldaszkowy Chimaphila umbellata. Cały teren.
Przylaszczka pospolita (przelaszczka trojanek) Hepatica nobilis. Wszędzie poza Beskidami.
Rojownik (rojnik) pospolity Jovibarba sobolifera. Dolina Dunajca.
Rojownik (rojnik) włochaty Jovibarba hirta. Gorce.
Rosiczka okrągłolistna Drosera rotundifolia. Cały teren.
Róża francuska Rosa gallica. Wszędzie poza Beskidami.
Rukiew wodna Nasturtium officinale. Dolina Raby i Dunajca.
Skalnica gronkowa Saxifraga paniculata. Beskidy
Tłustosz zwyczajny Pinguicula vulgaris. Cały teren.
Tojad dziubaty Aconitum variegatum. Gorce.
Tojad mołdawski Aconitum moldavicum. Podgórze Bocheńskie i Pasmo Lubania w Gorcach.
Tojad Pawłoskiego Aconitum x pawłowskii. Gorce.
Wawrzynek wilczełyko Daphne mezereum. Cały tern.
Wiśnia karlowata Cerasus fruticosa. Dolina Dunajca i skarpy nadwiślańskie.
Włosienicznik (jaskier) wodny Batrachium aquatile i Włosienicznik skapopręcikowy B. trichophyllum. Doliny rzeczne.
Zaraza przytuliowa Orobanche caryophyllacea. Dolina Wisły.
Zaraza czerwonawa O. lutea. Dolina Wisły.
Zaraza żółta O. flava. Beskidy.
Zarzyczka górska Cortusa matthioli. Gorce.

Jednoliścienne
Buławnik wielokwiatowy i mieczolistny Cephalanthera damasonium i longifolia. Pogórza i Beskidy.
Cebulica (oszloch) dwulistna Scilla bifolia. Dolina Dunajca.
Ciemiężyca zielona Veratrum lobelianum. Cały teren.
Gnieźnik leśny Neottia nidus-avis. Cały teren.
Gołek białawy Leucorchis albida. Beskidy.
Kosaciec syberyjski Iris sibirica. Dolina Wisły, Pogórza i Beskid Wyspowy.
Kosatka kielichowa Tofieldia calyculata. Pogórze Wielickie i Gorce.
Kręczynka jesienna Spiranthes spiralis. Beskid Średni.
Kruszczyk Epipactis sp. Cały teren.
Kukułka (stoplamek, storczyk) Dactylorhiza sp. Cały teren.
Liczydło górskie Streptopus amplexifolius. Beskidy.
Lilia złotogłów Lilium martagon. Cały teren.
Lipiennik Loesela Liparis loeselii. Podgórze Bocheńskie.
Listera jajowata Listera ovata. Cały teren.
Listera sercowata Listera cordata. Beskidy.
Mieczyk dachówkowaty Gladiolus imbricatus. Cały teren.
Obrazki alpejskie Arum alpinum. Pogórze Wiśnickie.
Obuwik pospolity Cypripedium calceolus. Pogórze Wielickie.
Ozorka zielona Coeloglossum viride. Beskidy.
Perłówka siedmiogrodzka Melica transsylvanica. Beskidy.
Podkolan biały Platanthera bifolia. Cały teren.
Podkolan zielonawy Platanthera chlorantha. Dolina Dunajca.
Storczyca kulista Traunsteinera globosa. Cały teren.
Storczyk Orchis sp. Cały teren.
Storzan bezlistny Epipogium aphyllum. Gorce.
Szafran spiski Crocus scepusiensis. Cały teren.
Śniedek baldaszkowaty Ornithogalum umbellatum. Niziny Nadwiślańskie.
Śnieżyczka przebiśnieg Galanthus nivalis. Cały teren.
Tajęża jednostronna Goodyera repens. Beskid Średni.
Turzyca Davalla Carex davalliana. Cały teren.
Wełnianka delikatna Eriophorum gracile. Dolina Dunajca.
Zimowit jesienny Colchicum autumnale. Cały teren.
Żłobik koralowy Corallorhiza trifida. Cały teren.