Kwestia obszarów chronionych w sieci Natura 2000 celowo jest omawiana osobno. Proces tworzenia ostoi zarówno siedliskowych (Specjalnych Obszarów Ochrony Siedlisk, SOOS) jak i ptasich (Obszarów Specjalnej Ochrony Ptaków, OSOP) był długi i zagmatwany, zarówno w całym kraju, jak i na omawianym terenie.

Ostatecznie na terenie Ziem Wielicko-Limanowskich (wraz z przyległymi okolicami) powołano następujące SOOS:
-Grota Zbójnicka na Łopieniu, obecnie Uroczysko Łopień - ostoja nietoperzy oraz ostoja siedliskowa chroniąca torfowisko, buczynę, bór mieszany i jaskinię
-Kostrza - ostoja leśna chroniąca las lipowo-jaworowy
-Luboń Wielki - ostoja leśna chroniąca bór mieszany i zbiorowiska naskalne
-Ostoja Gorczańska obejmująca poza GPN także i niestety TYLKO południowe stoki Mogielicy i Jasienia i chroniąca naturalne drzewostany reglowe, doliny i polany gorczańskie
-Raba z Mszanką, Środkowy Dunajec z dopływami, Łososina, Ochotnica (obejmująca także fragmenty Słopniczanki i Czarnej Rzeki) - ostoje rzeczne, powołane głównie dla ochrony tarlisk ryb
-Cedron - ostoja nad podgórską rzeką na Pogórzu Wielickim k. Kalawarii.
-Ostoje nietoperzowe Beskidu Wyspowego i Nowy Wiśnicz - pofragmentowana ostoje obejmujące kilka starych kościołów i ich otoczenie (zalesione góry np. Ciecień, Kostrzę, fragment Pasma Łososińskiego) i odlesione zbocza, jako miejsca występowania i żerowiska nietoperzy
-Lubogoszcz - ostoja leśna chroniąca jaworzynę na Lubogoszczy -
-Łąki koło Kasiny Wielkiej - niewielkie ogryzki, które pozostały z proponowanej ostoi chroniące łąki trzęślicowe
-Torfowisko Wielkie Błoto - ostoja w Puszczy Niepołomickiej chroniąca pozostałości śródleśnego torfowiska
-Lipówka - ostoja w Puszczy Niepołomickiej chroniąca stary grąd
-Tarnawka - okrojona wersja proponowanej ostoi, w obecnej formie chroni jedynie dorzecze środkowej Tarnawki (i to bez niektórych najcenniejszych dopływów...)

W 2008 r. złożono zostały propozycje kilku ostoi znajdujących się na terenie Ziem Wielicko-Limanowskich: Łęg w ujściu Raby, Tarnawka, Kamionna i Uroczyska Beskidu Wyspowego. Niestety pomimo pozytywnej weryfikacji przez ekspertów z Wojewódzkiego Zespołu Specjalistycznego ostoi Tarnawka i Uroczyska Beskidu Wyspowego aprobatę "nad-ekspertów" z IOP PAN uzyskała tylko Tarnawka (w okrojonej wersji). Z Uroczysk Beskidu Wyspowego obejmujących po weryfikacji: Śnieżnicę, Łopień i Mogielicę pozostało tylko okrojone Uroczysko Łopień.

Na terenie Ziem Wielicko-Limanowskich (wraz z przyległymi okolicami) powołano następujące OSOP:
-Puszcza Niepołomicka - ostoja ptasia obejmująca prawie całą puszczę wraz z przyległymi terenami otwartymi, głównymi gatunkami kwalifikującymi są tam: puszczyk uralski, dzięcioł średni i muchołówka białoszyja.
-Gorce - ostoja niestety tylko w granicach GPN, istotnymi gatunkami naturowymi są tam m.in.: głuszec, dzięcioły: trójpalczasty i białogrzbiety, sóweczka, włochatka, puszczyk uralski, muchołówka mała.

W 2005 r. do Ogólnopolskiego Towarzystwa Ochrony Ptaków (OTOP) złożono (pod patronatem TP Bocian) propozycje 2 ostoi ptasich: Mogielicę, Jasień i Dolinę Środkowej Raby. Obie propozycje uznano za wartościowe tzn. na ich terenie gniazdowało ok. 6 (Mogielica) i 2 (Raba) gatunki kwalifikujące do ostoi ptaków w odpowiednich liczebnościach.

W 2007 r. istniała możliwość poszerzenia ostoi Natura 2000 Gorce o przyległe fragmenty Gorców (głównie masywy Turbacza i Gorca) oraz masyw Mogielicy-Jasienia w Beskidzie Wyspowym. Jednakże pomimo dokładnego opracowania wykonanego przy współudziale IOP PAN z nieznanych (nam) powodów poszerzenia tego nie uwzględniono ani w latach 2007-08 r. podczas uzupełniania sieci Natura 2000.

W 2008 r. OTOP uznał, że ostoja nad Rabą jednak nie spełnia kryteriów naturowych. Jednocześnie poszerzono propozycję ostoi Mogielica i Jasień zamieniając ją w Beskid Wyspowy. Teren ten będący istotną ostoją dla kilku gatunków ptaków m.in.: głuszca, cietrzewia, dzięciołów: zielonosiwego, trójpalczastego i białogrzbietego, sóweczki, włochatki, puszczyka uralskiego, puchacza, jest jedną z nowych krajowych ostoi ptaków IBA (Important Bird Area) i docelowo powinien znaleźć się w sieci Natura 2000.

Z uwagi na b....l panujący na stronie Natura 2000 utworzonej w Ministerstwie Środowiska (obecnie jako podstrona Generalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska) nie podajemy linków do opisów i map poszczególnych ostoi ponieważ i tak przeważnie nie działają lub są źle podlinkowane.