W widłach Wisły i Raby znajduje się rozległy kompleks leśny (ponad 100 km2) podzielony na dwie części. Kompleks południowy tworzony jest głównie przez bory sosnowe oraz niewielkie enklawy dąbrów. We zachodniej części tego kompleksu znajduje się pozostałość otwartego torfowiska Wielkie Błoto, natomiast we wschodniej Czarny Staw. Północna część puszczy oddzielona jest doliną Drwini, obecnie uregulowanej rzeki, wzdłuż której znajdują się podmokłe łąki. Składa się ona z trzech podkompleksów: Grobli, Grobelczyka i Koła. Tą część puszczy porastają głównie grądy, znajduje się tam też wiele dawnych starorzeczy wiślanych oraz kilka nadal wypełnionych wodą. Dokładniejszy opis puszczy można znaleźć na stronie Puszcza Niepołomicka.
Dolina Wisły położona na północ od puszczy w dużym stopniu została uregulowana tracąc wiele ze swych walorów przyrodniczych. Jednakże rozciągają się wzdłuż niej rozległe, częściowo podmokłe łąki, najrozleglejsze za ujściem Raby w Ujściu Solnym. Na rejonie ujścia Szreniawy (już od strony Płaskowyżu Proszowickiego) koryto Wisły odzyskuje na krótkim odcinku charakter pół-naturalny. W tej okolicy (Morsko-Witów) oraz w okolicach Hebdowa rozciągają się wzdłuż doliny Wisły rozległe skarpy kserotermiczne.